El Museo de la Prefectura Patagones tiene como fecha fundacional el 25 de agosto de 1995, mediante un decreto. Su creación obedece al reconocimiento de la Prefectura, a la figura del comandante Luis Piedra Buena. En un primer momento, se habilitó una sala denominada “Náutica y Puertos”, relacionada con la historia de la navegación y la inserción de la Prefectura en el desarrollo de la zona. Esta sala, albergaba gran cantidad de fotografías y documentos que testimoniaban la historia de la Prefectura Naval Argentina, los primeros jefes de la Prefectura Patagones, el edificio, asentamiento original de la escuadrilla del río Negro y fotografías que reflejaban las distintas actividades que se desarrollaron en el puerto y la zona. El día 16 de abril de 1998 el edificio de lo que anteriormente se denominaba Subprefectura es declarado de Interés Histórico Municipal, incluyendo las dependencias donde se encontraba emplazado el Museo. La inauguración del edificio que actualmente ocupa el Museo de la Prefectura Patagones, fue inaugurada el 2 de octubre del 2001, con la presencia del Prefecto Nacional Naval PG Juan José Beltrini, en conjunto con quien fuera intendente de Carmen de Patagones en ese momento Ing. Ricardo Curetti y el entonces presidente del Consejo Deliberante Ricardo Marino. El 6 de marzo del año 2001 se declaró Monumento Histórico incorporado al Patrimonio Cultural de la Provincia de Buenos Aires al edificio que ocupa el Museo de la Prefectura Patagones. A la fecha, el museo cuenta con cuatro salas, en donde se destacan las maquetas de embarcaciones de diferentes tipos, los uniformes históricos pertenecientes a la institución, elementos materiales pertenecientes al conflicto bélico en Islas Malvinas, elementos propios de la historia de Carmen de Patagones, entre otros.